به گزارش صراط به نقل از تبیان؛ حضرت آقا اکنون دارای 6 فرزند هستند. نام خانوادگی همسرِ معظّم له «خُجَسته» است. نام دخترانشان بُشری و هُدی، و نام فرزندان پسرشان سیّد مصطفی؛ سیّدمجتبی؛ سیّد مسعود و سیّد میثم است. دو تن از فرزندان پسر ایشان 8 سال  در جبهه‌های جنگ ایران و عراق حضور داشتند.

یکی از دختران ایشان همسر فرزند آیت الله محمّدی گلپایگانی  است که ضمن آراستگی به لباس شریف روحانیت و علم دین در دانشگاههای کشور نیز به تدریس متون حقوقی به زبان فرانسه اشتغال دارند  و دختر دیگر ایشان همسر فرزند آیت الله باقری کنی از علمای تهران است. سیّد مصطفی فرزند بزرگ ایشان با دختر آیت‌الله خوشوقت ازدواج کرده ‌است. سیّد مجتبی داماد دکتر غلامعلی حدّاد عادل است. سیّد مسعود نیز با فرزند آیت‌الله خرّازی و خواهر صادق خرّازی ازدواج کرده ‌است. سیّد میثم کوچکترین فرزند ایشان نیز به ازدواج دختر آقای لولاچیان از بازاریان متدیّن در آمده است. امام خامنه ای همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیّت های سیاسی و اقتصادی مبرّا داشته و به ایشان توصیه کرده اند که در کارهای اقتصادی وارد نشوند. مرحوم حضرت حجّة الاسلام و المسلمین احمد مروی "رحمة الله علیه" در این رابطه چنین بیان داشتند:

"ایشان چهار فرزند پسر دارند كه هر چهار نفر، طلبه‌ و معمّم هستند و حقیقتاً هم درس می‌خوانند. خوب هم درس می‌خوانند. من با اینها مأنوسم، این توفیق را دارم. اُنسی دارم، نشست داریم، گَعده داریم، صحبت می‌كنیم. یك بار ندیده‌ام كه اینها راجع به پولی، امكاناتی و چیزهای از این قبیل صحبت بكنند. گویی افرادی معمولی هستند و پدرشان هم یك فرد معمولی است.

این خیلی ارزش دارد كه امكانات باشد و موقعیّت فراهم باشد و هیچ اقبالی به آن نشان داده نشود. این خیلی ارزشمند است. برای خود حضرت آقا، همه رقم امكانات هست ولی هیچ اقبالی ما نمی‌بینیم. نه خودشان، نه خانواده‌شان!

قطعاً خود حضرت آقا دوست ندارند كه بستگانشان و مخصوصاً آقازاده‌ها‌یشان در كارهای اقتصادی باشند. قطعاً این را آقا نمی‌پسندند. خود اینها هم، هیچ رغبتی و هیچ اقبالی ندارند. حالا به هر صورت این جور تربیت شده‌اند كه هیچ اقبالی به این چیزها ندارند. فرزندانشان بیشتر همین مسائل درس و بحث برایشان مطرح است و نگرانی‌هایی كه نسبت به مردم و نسبت به زندگی طلاب و نسبت به قضایای دیگر دارند، همان دغدغه‌هایی است كه خود آقا دارند. این كه آنها برای خودشان دنبال آینده‌ای باشند‌ زندگی، مال، منال، پول، پس‌انداز‌ اصلاً وجود ندارد. اگر بود، من مطلع می‌شدم. چون خیلی با اینها مأنوسم. من چنین چیزی واقعاً در اینها ندیده‌ام.

سیّد مصطفی‌ آقازاده بزرگ حضرت آقا‌؛ همان سال اوّل ازدواجشان كه طلبه‌ قم بودند،‌ الان هم قم هستند‌. خانه‌ای اجاره كرده بودند و مستأجر بودند - الان هم مستأجرند - ما را یك روز برای ناهار دعوت كردند. ما رفتیم منزل ایشان. یك سال از ازدواج ایشان نگذشته بود؛ ماههای اوّل ازدواج ایشان بود. ما هم یك گلدان معمولی خریدیم و رفتیم كه دست خالی نرویم. من واقعاً‌ تعجب كردم كه آیا این خانه؛ خانه‌ یك تازه‌داماد است؟ حالا نه خانه‌ فرزند رهبر انقلاب و مقام اوّل كشور؛ حتّی خانه‌ یك تازه‌ داماد هم این نیست. یعنی یك خانه‌ تازه‌ داماد؛ بالاخره یك زرق و برقی دارد؛ تا مدتها این زرق و برق خانه‌ تازه‌ داماد و خانه‌ تازه عروس، هست. من توی خانه‌ اینها، واقعاً همان زرق و برق معمولی یك تازه‌ داماد و یك تازه عروس را ندیدم. بسیار زندگی معمولی؛ دو تا فرش ماشینی، آن هم نه سه‌ در چهار‌ چون من دقّت داشتم به این چیزها. دور و بر خودم را نگاه می‌كردم. حواسم بود و تا آنجا كه می‌توانستم، رصد می‌كردم اوضاع و احوال خانه را‌. دو تا فرش شش متری انداخته بودند، دور خانه هم موكت بود و دو‌ سه تا پشتی ابری معمولی، نه مبلمانی، نه زرق و برقی. زندگی ساده و خوبی در آقازاده‌های ایشان سراغ داریم.

آقازاده‌ها در دفتر مسئولیتی ندارند. فقط در نشر آثار همكاری دارند و الان هیچ كدام از آقازاده‌ها مسئولیتی ندارند. جایی هم مشغول نیستند. ممحّض در درس و كار طلبگی هستند. درس می‌خوانند و انصافاً هم درسشان خیلی خوب است. خیلی خوب پیشرفت كرده‌اند. خود آقا مصطفی كه الان سطوح عالیه را در قم تدریس می‌كنند. ایشان مكاسب و كفایه در قم تدریس می‌كنند."